細菌毒素（Bacterial toxins)，又稱微生物毒素（Microbial Toxins），如白喉毒素、霍亂毒素、肉毒毒素、破傷風毒素、葡萄球菌毒素等。細菌毒素可以區分為兩種：放到菌體外的稱為菌體外毒素（Exotoxin）；含在體內的，在菌體破壞后而放出的，稱為菌體內毒素（Endotoxin）。但是在菌體外毒素中，也有通過菌體的破壞而放出體外的，所以這種區分法并不是很嚴密的。菌體外毒素大多是蛋白質，其中有的起著酶的作用。白喉桿菌、破傷風桿菌、肉毒桿菌等的毒素均為菌體外毒素。